UA High School harus mendapatkan kembali kepercayaan publik setelah serangan penjahat mendadak selama sesi pelatihan kelas 1-A. Meskipun beberapa guru terluka parah dalam serangan itu, Izuku “Deku” Midoriya dan teman-teman sekelasnya harus terus belajar dan berlatih, dan memanfaatkan kebiasaan mereka dalam berbagai lingkungan dan keadaan.

Boku no Hero Academia: Sukue! Kyuujo Kunren! mengikuti kelas 1-A saat mereka mencoba untuk menyelesaikan pelatihannya. Namun, ada sosok bertopeng yang berkeliaran di sekitar pusat pelatihan. Apakah penjahat yang bertanggung jawab atas kejadian sebelumnya kembali untuk menyelesaikan pekerjaan? Jika demikian, apakah siswa siap untuk melawan?