Setelah lima tahun menyimpan perasaan yang tak terucapkan, siswa SMA Taiju Ooki akhirnya siap untuk menyatakan cintanya kepada Yuzuriha Ogawa. Namun ketika Taiju memulai pengakuannya, cahaya hijau yang menyilaukan menghantam Bumi dan membuat manusia ketakutan di seluruh dunia — mengubah setiap manusia menjadi batu.

Beberapa milenium kemudian, Taiju terbangun dan menemukan bahwa dunia modern sama sekali tidak ada, karena alam telah berkembang di tahun-tahun ketika umat manusia tidak ada. Di antara patung di dunia batu itu, Taiju bertemu dengan satu manusia hidup lainnya: temannya seorang pencinta sains, Senkuu, yang telah bangun selama beberapa bulan. Taiju mengetahui bahwa Senkuu telah mengembangkan skema besar — ​​untuk meluncurkan kebangkitan penuh peradaban dengan sains. Otak Taiju dan Otak Senkuu bergabung untuk menjalin kemitraan yang tangguh, dan mereka segera menemukan metode untuk menghidupkan kembali orang-orang yang telah menjadi batu.

Namun, rencana Senkuu terancam ketika ideologinya ditentang oleh mereka yang bangun. Sementara itu, alasan membatu umat manusia masih belum diketahui.