Ini adalah bisnis seperti biasa di kota besar Orario, tempat legiun petualang berkumpul untuk menjelajahi “Dungeon” yang dipenuhi monster. Di antara mereka adalah Bell Cranel yang mudah bingung namun berani, satu-satunya anggota Hestia Familia. Dengan bantuan pendukung demi-humannya Liliruca Arde dan pandai besi yang kompeten Welf Crozzo, Bell telah mendapatkan gelar Little Rookie dengan menjadi petualang yang tumbuh paling cepat di Orario berkat upayanya di dalam level yang lebih dalam di Dungeon.

Dungeon ni Deai wo Motomeru no wa Machigatteiru Darou ka II melanjutkan petualangan Bell saat ia mencoba membawa kemuliaan bagi dewi dan melindungi orang yang ia sayangi. Namun, berbagai keluarga dan dewa di seluruh kota mulai memperhatikan pencapaiannya dan mencoba menambahkannya ke barisan mereka.