Setelah konfrontasinya di Nether dengan adik laki-lakinya Shou, tekad Shinra Kusakabe untuk menjadi pahlawan yang menyelamatkan nyawa dari teror api semakin kuat. Menemukan cara untuk mengubah Infernals kembali menjadi manusia, mengungkap misteri Evangelist dan Adolla Burst, dan menyelamatkan ibunya dan Shou — ini adalah tujuan yang ada dalam pikiran Shinra. Namun, dia menyadari bahwa mencapai tujuan ini tidak akan mudah, terutama dengan bahaya yang akan datang dari Penginjil.

Rencana Penginjil jelas: mengumpulkan delapan pilar — individu yang memiliki Adolla Burst — dan mengorbankan mereka untuk menciptakan kembali Great Cataclysm dari 250 tahun lalu. Setelah diungkapkan oleh Pilar Pertama bahwa kelahiran pilar baru semakin dekat, Shinra bertekad untuk melindungi sesama pilar dari Penginjil. Dengan demikian, pertempuran sengit antara Pasukan Api Khusus dan Penginjil dimulai. Bersama dengan Pasukan Api Khusus, pertarungan Shinra berlanjut saat ia mengungkap kebenaran tentang Great Cataclysm dan sifat Adolla Bursts, serta misteri di balik pembakaran manusia.