U.C. 0097, satu tahun setelah pembukaan “Kotak Laplace.”
Meskipun diturunkannya Piagam Abad Universal yang mengakui keberadaan dan hak-hak Newtypes, kerangka dunia belum banyak diubah.

Konflik yang kemudian dijuluki “Insiden Laplace” itu diperkirakan telah berakhir dengan jatuhnya sisa-sisa Neo Zeon yang dikenal sebagai Lengan. Dalam pertempuran terakhirnya, dua mobile suit psycho-frame penuh menunjukkan kekuatan di luar pemahaman manusia. Unicorn putih dan singa hitam disegel untuk menghilangkan bahaya ini dari kesadaran manusia, dan mereka sekarang harus sepenuhnya dilupakan.

Namun, RX-0 Unicorn Gundam 03, yang menghilang dua tahun sebelumnya, sekarang akan muncul di Earth Sphere sekali lagi. Phoenix emas … bernama Phenex.