Beberapa saat sebelum kelahiran Naruto Uzumaki, iblis besar yang dikenal sebagai Kyuubi, Rubah Ekor Sembilan, menyerang Konohagakure, Desa Daun Tersembunyi, dan mendatangkan malapetaka. Untuk mengakhiri amukan Kyuubi, pemimpin desa, Hokage Keempat, mengorbankan hidupnya dan menyegel binatang buas di dalam Naruto yang baru lahir.

Sekarang, Naruto adalah ninja yang hiperaktif dan berkepala menyerah yang masih tinggal di Konohagakure. Dijauhi karena Kyuubi di dalam dirinya, Naruto berjuang untuk menemukan tempatnya di desa, sementara keinginannya untuk menjadi Hokage dari Konohagakure membawanya tidak hanya ke beberapa teman baru yang hebat, tetapi juga beberapa musuh yang mematikan.