Pada tahun 2015, dunia berada di ambang kehancuran. Harapan terakhir umat manusia ada di tangan Nerv, badan khusus di bawah Perserikatan Bangsa-Bangsa, dan Evangelion mereka, mesin raksasa yang mampu mengalahkan Malaikat pembawa kehancuran Bumi. Gendou Ikari, kepala organisasi, mencari pilot yang kompatibel yang dapat melakukan sinkronisasi dengan Evangelion dan menyadari potensi mereka yang sebenarnya. Membantu usaha pertahanan ini adalah personel berbakat Misato Katsuragi, Kepala Operasi Taktis, dan Ritsuko Akagi, Kepala Ilmuwan.

Bertatap muka dengan ayahnya untuk pertama kalinya dalam beberapa tahun, rata-rata kehidupan Shinji Ikari yang berusia 14 tahun berubah secara permanen ketika dia dibawa pergi ke kedalaman Nerv, dan menuju takdir baru yang mengerikan — dia harus menjadi pilot Evangelion Unit-01 dengan nasib umat manusia di pundaknya.

Ditulis oleh Hideaki Anno, Neon Genesis Evangelion adalah kisah heroik seorang anak laki-laki yang akan menjadi legenda. Tetapi ketika drama psikologis ini terungkap, rahasia kuno di bawah gambaran besar mulai menggelembung ke permukaan…