Yato dan Yukine akhirnya memperbaiki hubungan mereka sebagai dewa dan Regalia, dan semua orang telah kembali ke kehidupan sehari-hari mereka. Yato tetap menjadi dewa kecil dan tidak dikenal yang terus mengambil pekerjaan sambilan seharga lima yen masing-masing dengan harapan suatu hari memiliki jutaan penyembah dan kuil agung miliknya sendiri. Hiyori Iki belum mendapatkan jiwanya yang longgar diperbaiki oleh Yato, tapi dia menikmati hidup dan tetap bersiap untuk masuk sekolah menengah.

Berlangsung segera setelah musim pertama, Noragami Aragoto menyelidiki masa lalu yang rumit antara Yato dan dewa perang Bishamon. Dewa wanita menyimpan dendam misterius terhadap Yato, yang seringkali mengakibatkan bentrokan sengit di antara mereka. Itu tidak membantu bahwa Regalia yang paling dipercaya dan dicintai Bishamon, Kazuma, tampaknya berhutang budi kepada Yato. Ketika hidup dipertaruhkan, mengungkap misteri ini dan lainnya mungkin satu-satunya cara untuk memperbaiki kesalahan masa lalu.