Suatu ketika, ras yang dikenal sebagai Malaikat Bayangan menyerang Bumi untuk memanen kekuatan hidup semua yang mendiami planet ini. Berkat beberapa keajaiban yang keterlaluan, Shadow Angels menjadi tidak aktif, dan umat manusia dapat hidup 12.000 tahun lagi tanpa takut akan kehadiran mereka. Tapi 11 tahun setelah bencana yang dijuluki Kejadian Suci membawa kehancuran ke Bumi, Shadow Angels bangkit dari tidur mereka dan melanjutkan serangan sekali lagi.

Untuk memberi manusia sedikit kesempatan, sebuah organisasi yang dikenal sebagai DEAVA dibentuk, dan penggunaan senjata robotik bernama Aquarion telah diizinkan. Agar Aquarion memiliki kekuatan penuh, tiga pilot harus menggabungkan hati, tubuh, dan jiwa mereka menjadi satu — suatu prestasi yang hanya bisa diharapkan oleh beberapa orang. Dengan demikian, pencarian yang disebut ‘Pengguna Elemen’ diprioritaskan, berharap dapat memastikan masa depan umat manusia.

Sousei no Aquarion mengikuti kisah Apollo, seorang pemuda yang hampir liar yang dibesarkan dalam kemiskinan, yang diyakini sebagai reinkarnasi pahlawan legendaris. Setelah sahabatnya diambil oleh Shadow Angels, Apollo memilih menjadi pilot Aquarion. Akankah dia mampu membalikkan gelombang perang, dan membebaskan umat manusia dari ancaman Malaikat Bayangan untuk selamanya?