Pada hari terakhir liburan musim panas, Kokona Aoba siap untuk menghabiskan waktu yang lama ditunggu-tunggu dengan ibunya, tetapi sayangnya rencana ini dibatalkan karena bekerja. Alih-alih memilih untuk pergi keluar, dia berjalan menyusuri jalan yang sudah dikenalnya — jalan di mana kenangan indah muncul di setiap sudut.

Kemudian, di tengah musim gugur, Hinata Kuraue dan Aoi Yukimura sedang melihat-lihat buku kliping masa kecil mereka. Mengintai di kamar Aoi, Hinata menemukan bahwa dia telah menyimpan biji aneh sebagai kenang-kenangan, tetapi tidak ingat alasannya. Ketika penemuannya berkutat pada dirinya, gelombang ingatan lama muncul, menyebabkannya mengenang peristiwa yang terlupakan dari masa kecilnya.

Dari waktu yang dihabiskan bersama orang-orang terkasih hingga janji-janji dari masa lalu, Yama no Susume: Omoide Present mengikuti ketiga gadis itu ketika mereka menghargai kenangan lama sambil menyusun yang sama sekali baru untuk diingat.